Délimité par un réseau de barrières et de barbelés, le complexe est l'endroit plus surveillé du village. Le bâtiment est loin d'être esthétiquement plaisant. Il est grand, gros, moche et cubique. Cela dit, il a été conçu avec autres choses en tête. Passés les rondes des gardes, on peut y trouver un arsenal, des dortoirs pour shinobis entre deux missions, des bibliothèques avec des informations à caractère militaire et, enfin, des salles de réunions. Dans celles-ci, des cartes des différents pays du continent sont peintes à même le sol. Du temps de la Grande Guerre shinobi, les discussions stratégiques y avaient lieux en y déplaçant des pions pour représenter les différentes troupes et établir des stratégies.

Dans les sous-sols, on peut y trouver les geôles et les archives aux accès bien séparés pour éviter de pouvoir passer d'un endroit à l'autre sans surveillance ni permission. Les archives sont séparées en plusieurs niveaux successifs selon leur caractère secret et restreint. Si la plupart des rapports et des listing sont disponibles au premier étage, d'autres située tout en bas nécessite la permission explicite de l'Hokage pour consulter.

Les geôles consistent en des successions de cellules délimitée par des barreaux en acier pour les prisonniers les plus communs. Certaines cellules ont été spécifiquement créée en bois pour emprisonner les shinobis aux talents ferromagnétiques ou affectant le métal. Au plus profond des sous-sols se trouvent les prisons pour les criminels les plus dangereux du pays du Feu. On raconte bien des horreurs sur les résidents de ce dernier étage et, dans ce cas présent, la réalité dépasse malheureusement la fiction.