Complexe à la fois visible de l'extérieur, au niveau supérieur, et étendant ses ramifications loin à l'intérieur de la Citadelle, le Centre de formation est un institut dédié, comme son nom l'indique, à la formation des militaires destinés à partir en mission. Il s'y trouve dispensés à la fois des cours pour les plus jeunes et des enseignements plus pointus et spécifiques pour les shinobis de métier, et l'architecture et l'agencement intérieur autorisent quelques fantaisies aux instructeurs.