S'il est un bâtiment imposant à Konoha, il s'agit bien du Centre - véritable université et école - dont la construction fut achevée à la mort de l'Empereur. Pour reprendre la métaphore du vivant, il s'agit du système nerveux de Konoha. L'énorme bâtiment, haut de six étages, est composé de deux ailes qui se rejoignent au centre en angle obtus. L'activité y est intense, le va-et-vient incessant à tout moment de la journée. La nuit, cette activité diminue mais ne s'arrête pas pour autant, et de nombreuses fenêtres restent éclairées jusqu'aux petites heures.


La première aile est la seule uniquement diurne. Il s'agit de l'Académie. Depuis le début de l'Alliance qui a mené à la rébellion contre l'Empereur, les différents clans ont soulevé le problème de la formation de leurs enfants. Ceux-ci s'entrainaient toujours avec les mêmes partenaires et manquaient de diversité. Pour éviter de trop grosses pertes, des sessions furent organisées entre les clans. Hélas, une fois le conflit venu, les clans constatèrent que cela ne suffisait pas et décidèrent d'inviter aussi des membres issus de familles civiles ou d'utiliser des mercenaires pour partager leur savoir et leurs expériences. Ainsi naquit l'Académie sous sa forme actuelle. La majorité de Konoha y fait son éducation et y apprend de nombreux sujets - dont la théorie derrière les arts ninjas. Un examen final donne finalement, après plusieurs années de formation, la possibilité aux jeunes de devenir des Genins. Les cours sont donnés en session d'une heure, et des mannequins sont postés en bas des deux côtés du bâtiment pour apprendre à utiliser des armes ou des techniques élémentaires. Il n'est pas rare d'y voir un motivé ou deux continuer de s'entrainer après les cours en hurlant des insanités comme "le printemps de la jeunesse" ou d'autres imbécilités.


La seconde aile fourmille surtout de civils, bien que quelques shinobis se fondent dans la masse. Il s'agit du Centre de Recherche. Si tout le monde ne réussit pas l'examen de l'Académie, seuls ceux réussissant le mieux les examens théoriques sont poussés vers la voie de la recherche. Véritable département R&D de Konoha, les gens qui s'y trouvent sont très bizarres sur le plan social bien que terriblement intelligents et capables de prouesses technologiques. Quelques shinobis spécialistes dans leur domaine y apportent aussi leur contribution qui tournent généralement plus autours des applications militaires. Les résultats des expériences sont stockés dans les caves du bâtiment sous bonne surveillance.


A la jonction des ailes se trouve la formation des chercheurs, par synergie. Sur le toit du bâtiment existe une curiosité très peu connue des Konohajins. En effet il fut érigé un buste portant l'armure de l'Empereur mais sans visage. En-dessous est listé les estimations des pertes humaines dans les conquêtes du Samui Fou, pour que la mémoire de l'empire totalitaire ne disparaisse pas des mémoires des vivants.