En prenant la métaphore de l'être vivant, le centre ville est le cœur de Konoha. Presque tout le flux du village y passe avant de se redistribuer dans ses différentes artères. De nombreuses échoppes y sont présentes et, lorsque la météo est clémente, les marchands n'hésitent pas à poser des tapis devant leur boutique et à étaler leur marchandises aux yeux de tous. Des arômes d’amuse-gueules flottent dans les airs, trahissant la présence de petite restauration, et fait le malheur des porte-feuilles des parents qui se promènent avec leurs progénitures avant de repartir dans la myriade de petites ruelles.

Au centre même se trouve une grande place pavée de briques blanches et pourvue sur un de ses côtés d'une petite arène en bois qui s'enfonce progressivement dans le sol. Utilisée avant tout pour des annonces publiques ou des discussions politiques, cette amphithéâtre est également réquisitionné de temps à autre par des troupes de musiciens ou d'acteurs pour des représentations. Une bonne ambiance règne sur cette place, tant que la pluie ne s'invite pas car rien ne protège ses visiteurs des intempéries.

De cette place, on peut également voir le palais de l'Hokage.

Les quartiers résidentiels de Konoha sont nettement plus calmes et posés que le centre ville. La paix qui y règne n'y est occasionnellement brisée que par des rires d'enfants. Il est également fréquent de voir des aspirants ninjas s'essayer au sport national de courses sur les toits aux tuiles renforcées. L'architecture est un mélange de pierre tirée des carrières du nord de Konoha et de bois de la forêt environnante.

Si la plupart des bâtiments consistent en des appartements sur plusieurs étages - pour répondre à la demande croissante - il existe des notables exceptions à ce paradigme. Les fortunés de Konoha se font en effet construire des pavillons aux abords d'un des quelques parcs du village, séparés d'un petit mur de la populace. Parmi ces fortunés, on peut citer les clans majeurs de Konoha qui possèdent chacun leur domaine - à part les Inuzuka qui préfèrent vivre en-dehors du village dans un cadre plus proche de la nature.