Basé sous le Palais du Hokage, le quartier général des ANBUs est un véritable labyrinthe de souterrains. Les parois caverneuses ont laissé place au fil des années à des murs en béton armé grisâtres, donnant au tout une allure de bunker militaire à l’abandon si les lumières blafardes n’étaient pas là pour éclairer les différents couloirs. Une fois la sécurité à l’entrée passée, le visiteur débouchera sur une salle immense et totalement éclairée au centre de laquelle trône un arbre gigantesque. Cette salle dénommée « Salle de Vie » est principalement utilisée pour les annonces générales et les consignes données par les chefs des sections de l’unité spéciale.

Au deuxième niveau se trouvent les quartiers des différents ANBUs. Chacun se voit attribuer à son arrivée un bloc, une cellule, selon qu’il appartienne à la section Rinkan chargée de la sécurité intérieure ou Gaimu chargée des affaires étrangères. Au troisième niveau se trouvent les archives accessibles à tous les ANBUs et les salles d’entraînement.

Les niveaux inférieurs sont eux réservés aux secrets détenus à l’intérieur même de l’unité. On y retrouve dossiers et documents confidentiels, bureaux des chefs des sections, salle d’interrogatoire et cachots pour les prisonniers les plus dangereux. Un accès direct aux prisons régulières existe au niveau du premier étage. Il consiste en un long couloir en béton armé qui serpente entre les deux institutions. Cette ruche souterraine est bien évidemment très bien gardée et protégée par une multitude de sceaux qui parent toutes les éventualités d’espionnage ou d’infiltration quelconque. Seuls ses points d’accès comportent donc des failles à savoir l’entrée du complexe et le couloir donnant sur les prisons.